一瞥
Sage bionetwork 使用开放科学实践并开发新颖的研究技术，使科学家能够更有效地合作并负责任地共享数据. 作为一个非营利性和中立的召集人, Sage认为，在分布式研究社区中培养团队合作有助于加速和改善人类健康结果. 而Sage在为一系列合作研究项目开发定制应用程序方面经验丰富, 他们寻求拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司的专业知识，以提高CRI iAtlas平台的可靠性.
研究人员新的免疫治疗工具
与癌症研究所(CRI)和系统生物学研究所(ISB)合作, Sage bionetwork开发了 互动门户网站CRI iAtlas. CRI iAtlas旨在帮助科学家在免疫特征和相互作用的背景下改善肿瘤的遗传研究. 例如, 假设一项研究假设一种影响免疫细胞亚型的特定化合物减缓了特定肿瘤的生长方式. 在这种情况下, 研究者可以在iatas中探索从多个其他广泛研究和超过10项研究中汇编的结果,000人作为支持证据. 继续扩展此资源的效用, iAtlas团队与全球研究界合作，将新的数据队列整合到20个gb的文件中,000个或更多的基因，以及潜在的数百万个突变. 这些数据既需要安全存储，也需要可供科学家访问.
“这不是我与拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司合作的第一个项目，所以我很乐观. 其中一件真正有益的事情是，他们的工程师如何与拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司的科学家和数据工程师并肩工作，最终得出拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司自己可以维护的结果.”
Dr. 詹姆斯•艾迪 信息学主任 & 生物运算, Sage bionetwork
AWS数据库解决方案
依靠平面文件(如.g.，表格数据 .txt或 .(CSV扩展名)来存储和加载这些数据，维护起来很有挑战性, 手动密集, 在大范围内表现不佳. Sage希望用数据库体系结构——以及潜在的缓存层——来取代平面文件，以改进数据管理, 表演, 和可扩展性，以支持当前和未来的数据可视化模块. 他们还试图合并持续集成(CI)和持续部署(CD)工具.
他们需要一个有成就和创新的软件合作伙伴，可以把他们的CRI iata愿景变成一个可靠的平台. 拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司就是这样的合作伙伴.
在项目的第一阶段, 新成立的团队重构了CRI iata应用程序, 允许科学家和开发人员查询大量数据. 在通过安全门户公开数据以进行子集分析之前，CRI可以更快、更有效地查找和排序数据. 研究人员使用CRI数据越多, 他们选择一个子集的速度就越快, 创建可视化就越容易. 简化曾经密集的数据量可以更直接地回答假设, 促进癌症诊断和治疗的未来研究.
“就整合新来源和数据类型而言，拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司在[iata]内部管理数据的方式令人望而却步, 还有缩放. 拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司认识到需要远离平面文件，并有了解决方案的想法, 但是，与基于云的数据库系统的专家团队合作相比，很难找到开发原型和探索这些想法的带宽.”
Dr. 詹姆斯•艾迪 信息学主任 & 生物运算, Sage bionetwork
在第一阶段成功的基础上, 该团队随后将注意力转向第二阶段:用Python和GraphQL设计和开发iAtlas数据API，以便研究人员可以更轻松地使用CRI iAtlas内容. 利用已经完成的工作来自动构建和部署新数据集, iAtlas数据API将允许Sage在私有环境中运行其数据转换和数据库构建管道. 创建新版本的数据库需要大量的计算，但也不定期发生. 拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司提出了一个使用EC2 Spot实例的AWS解决方案，并根据需要提供它们来运行数据构建任务. Sage现在只会在使用时为他们的构建环境付费.
“就长期影响而言, 拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司与拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司的积极合作关系使这种合作成为其他团体和其他项目的一个有吸引力的途径."
Dr. James Eddy，信息学总监 & 生物计算，Sage生物网络
更好的科学
在一起, 拉斯维加斯登录网站3133-apple app store-拉斯维加斯登录网站3133有限公司和Sage团队定义的, 建, 以及应用程序功能和用例所需的优化查询. 所有的技术选择都是为了确保Sage团队能够在交付后维护和构建协作.
该应用程序已经从最初的一个数据集发展到9个数据集，并且该团队现在可以更好地根据研究需要添加更多数据集, 允许他们随着平台的发展向用户推出新的信息.
对CRI数据的开放访问可以帮助癌症研究人员探索数据以寻找趋势, 生成的假设, 并确定在哪里进行更深入的研究——最终推动癌症研究界的发展，并帮助进一步实现潜在治疗和治愈的目标.
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